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今天为大家带来一篇2021年5月发表于

frontiers in oncology（影响因子：6.244）

的纯生信文章《High SAA1 Expression

Predicts Advanced Tumors in Renal

Cancer》的复现。

复现任务

本文涉及9张图片，2张表格。

6张图包括：

1. 筛选ccRCC预后分子。Figure 1. Screening and prognostic

analysis of up-regulated target genes in ccRCC patients.

2. SAA1在TCGA中的表达。Figure 2. Analysis of SAA1 mRNA

expression using TCGA database.

3. SAA1在UALCAN和GEPIA的表达。Figure 3. Analysis of

SAA1 mRNA expression using UALCAN and GEPIA database.

4. SAA1蛋白表达。Figure 4. Analysis of SAA1 protein

expression using UALCAN database.

5. SAA1的DNA甲基化。Figure 5. Analysis of methylation

levels in SAA1 gene promoter region.

6. SAA1的ROC曲线。Figure 6. Analysis of the diagnostic

value of SAA1 for advanced and metastatic ccRCC.

7. SAA1的生存曲线。Figure 7. Analysis of the prognostic

value of SAA1 for ccRCC.

8. 湿实验验证SAA1的表达。Figure 8. The protein levels of

SAA1 in RCC cells and tissues.

9. 湿实验验证SAA1的功能。Figure 9. SAA1 knockdown

significantly inhibits migration and invasion of RCC cells in vitro.

2表为：

1. SAA1和临床病理因素的相关性。Table 1. Association of

SAA1 mRNA expression with clinicopathological parameters in

ccRCC patients.

2. 单|多因素表。Table 2. COX regression analysis between

prognostic risk factors and overall survival of ccRCC patients.

结果及复现

图一：筛选ccRCC预后分子

进入仙桃学术主页/products，选择高级版，点击“立即使用”：

选择“数据集检索”后，输入GSE11151，点击检索：

将实验组和对照组分别添加进样本库：

将样本加入实验组和参考组，并点击“提交分析”：

分析完成后点击“下载”——“差异分析”：

对结果表格按照logFC≥2 and adjusted p value < 0.05进行筛

选，同时对logFC列进行降序排列，复制前10个基因：